
Op 17 maart 1849 overleed koning Willem II. Nog dezelfde dag werd zijn oudste zoon, Willem Alexander Paul Frederik Lodewijk – beter bekend als Willem III – uitgeroepen tot koning der Nederlanden. Hij was toen 32 jaar oud. Vanaf het begin van zijn koningschap worstelde hij met de beperkingen van de Grondwet van 1848, die zijn vader vlak voor zijn dood had goedgekeurd.
Die Grondwet bepaalde dat ministers voortaan niet langer ondergeschikt waren aan de koning, maar verantwoordelijk tegenover het parlement. Willem III kon daar slecht mee leven. Al in mei 1849, toen hij voor het eerst de Staten-Generaal toesprak, voelde hij zich tegengewerkt. Hij vond Den Haag een plek vol gekonkel en tegenspraak.
In de zomer van 1849 besloot hij dat hij een deel van het jaar buiten Den Haag zou verblijven. Zijn keus viel op Paleis Het Loo in Apeldoorn, dat sinds 1685 eigendom was van het Huis Oranje-Nassau, maar vooral als jachtslot diende. Willem III wilde er zijn hoofdresidentie van maken – een unicum in de geschiedenis van de Oranjes.
Op 1 september 1849 arriveerde hij officieel op Het Loo. Hij bracht er die herfst en winter door. Aanvankelijk verbleef hij in de vertrekken die zijn vader soms had gebruikt, maar hij vond ze verouderd en te klein voor een hofhouding die bijna dagelijks aanwezig zou zijn.
Daarom gaf hij in december 1849 opdracht tot een eerste verbouwing. Die bestond uit:
- het moderniseren van de koninklijke appartementen aan de noordzijde
- het uitbreiden van de personeelsverblijven in de oostelijke vleugel
- de aanleg van een nieuwe centrale verwarmingsinstallatie op steenkool

De werkzaamheden duurden tot mei 1851, waardoor Willem III de winter van 1850 grotendeels in Den Haag verbleef. Vanaf de zomer van 1851 werd Het Loo zijn belangrijkste woonverblijf.
Willem III leidde hier een leven dat sterk verschilde van het ceremoniële hofleven in Den Haag. Hij stond meestal vroeg op, rond zes uur ’s ochtends. Na het ontbijt controleerde hij de administratie van zijn Kroondomeinen, liet hij zich informeren over het onderhoud van de bossen en de jachtterreinen, en maakte hij een wandeling door de tuinen.
Hij was een hartstochtelijk jager. Tussen september en januari trok hij bijna elke week met zijn gevolg de Veluwe in. De Apeldoornse bevolking raakte gewend aan het schieten dat weerklonk in de bossen. Het dorp profiteerde financieel: veel boeren verkochten haver voor de paarden en brandstof voor de verwarming van het paleis.
Inwoners van Apeldoorn stonden dubbel tegenover hun vorst. Enerzijds bracht hij aanzien en werkgelegenheid. De wegen in en rond Apeldoorn werden beter, steeds meer mensen verdienden geld doordat ze spullen aan het paleis leverden, en het dorp kreeg daardoor meer aanzien. Anderzijds stond Willem III bekend om zijn opvliegende karakter. Hij kon driftig worden als hij zich niet serieus genomen voelde. Er bestaan verslagen van hovelingen en bezoekers die schrijven dat hij plotseling boos uit een vergadering kon vertrekken of personeel de mantel uitveegde.
Toch was hij ook gul en betrokken. Op 5 juli 1853 schonk hij een bedrag aan de Hervormde Kerk in Apeldoorn voor de restauratie van het orgel. Bij feestelijke gelegenheden, zoals zijn verjaardag op 19 februari, liet hij arme gezinnen uit het dorp een pakket met levensmiddelen bezorgen.

In 1861 gaf Willem III opdracht tot een grotere verbouwing. Daarbij werden:
- de zuidvleugel uitgebreid met een nieuwe balzaal en eetkamer
- badkamers aangelegd met stromend water – iets zeer moderns in die tijd
- nieuwe stallen gebouwd ten westen van het paleis
De verbouwing was pas in 1866 afgerond. Vanaf dat moment was Het Loo geen jachtslot meer, maar een volwaardig koninklijk paleis, geschikt voor langdurig verblijf.
Na een eerste ongelukkig huwelijk hertrouwde Willem III op 7 januari 1879 met Emma van Waldeck-Pyrmont. Op 31 augustus 1880 werd zijn dochter Wilhelmina geboren, in een slaapkamer op de eerste verdieping van het paleis. Haar wieg stond bij een groot raam met uitzicht op de tuinen.
Het meisje werd enkele maanden gevoed door Evertje van der Zande, een Apeldoornse boerin die haar borstvoeding gaf. In de jaren erna groeide Wilhelmina grotendeels op op Het Loo. Apeldoorners zagen haar soms in een rijtuig door het dorp rijden, vaak vergezeld door haar moeder.
In de decennia waarin Willem III op Het Loo woonde, werd hij een bekende verschijning in Apeldoorn. Als hij naar de Grote Kerk ging – meestal op zondagen – klonk de klok luid en verzamelden dorpelingen zich om de stoet rijtuigen voorbij te zien komen. Kinderen kregen een dag vrij van school als er een koninklijk jubileum of verjaardag gevierd werd.
Ondanks zijn autoritaire houding was er ook respect. Veel inwoners begrepen dat Apeldoorn door de aanwezigheid van de koning veranderde van een Veluws dorp in een plek van nationaal belang.
Willem III bleef tot kort voor zijn dood grotendeels op Paleis Het Loo wonen. In de laatste jaren van zijn leven ging zijn gezondheid steeds verder achteruit. Hij had al langere tijd last van nierproblemen, vermoedelijk als gevolg van een chronische nierziekte. Ook kampte hij met jichtaanvallen en hoge koortsaanvallen, waardoor hij soms wekenlang bedlegerig was.
In het voorjaar van 1890 verslechterde zijn toestand sterk. Artsen constateerden dat hij leed aan een nierkwaal in combinatie met een ernstige longontsteking. Vanaf de zomer kon hij nauwelijks nog lopen. Hij werd verpleegd in een van de grote slaapkamers op de eerste verdieping van Paleis Het Loo.
De laatste maanden bracht hij vooral liggend door, vaak in een donkere kamer omdat fel licht hem niet verdroeg. Familieleden en een klein groepje vertrouwelingen waakten bij hem. Zijn vrouw, koningin Emma, bleef vrijwel onafgebroken aan zijn zijde.
Op 23 november 1890 rond zes uur in de avond overleed Willem III in zijn bed in het paleis, op 73-jarige leeftijd. Volgens de artsen was de directe oorzaak een hartstilstand, als gevolg van uitputting door zijn nierziekte en infecties.
Zijn lichaam bleef nog enkele dagen in het paleis opgebaard. Hij lag opgebaard in een van de grote kamers op de eerste verdieping, omringd door hoge kaarsen en bloemstukken. Familieleden, hofpersoneel en vertegenwoordigers van het kabinet kwamen afscheid nemen.
De kamer werd een rouwkapel, waar een erewacht in vol ornaat de wacht hield. Buiten hing de vlag halfstok. Apeldoorners die langs de hekken kwamen, konden door de tralies zien dat alles in diepe rouw was gehuld. Veel mensen uit het dorp kwamen naar het paleis om bloemen te brengen of om in stilte respect te betonen. In de Grote Kerk werd een herdenkingsdienst gehouden.
Op 2 december 1890 vond de eerste officiële plechtigheid plaats. De kist, bedekt met de rijksvlag en versierd met het Grootkruis van de Militaire Willems-Orde, werd door een erewacht naar de speciaal geprepareerde koets gedragen. Het rijtuig was een zware rouwkoets, zwart gelakt en met zilveren versieringen. Acht zwarte paarden trokken de wagen.
De tocht van Paleis Het Loo naar station Apeldoorn was een indrukwekkend schouwspel. De straten waren bedekt met zand om het geratel van de wielen te dempen. Langs de weg stonden Apeldoorners rijen dik, mannen met hoed in de hand, vrouwen met zwarte omslagdoeken. Er werd nauwelijks gesproken. Mensen beseften dat dit het afscheid was van een koning die ruim veertig jaar had geregeerd en die van Apeldoorn een belangrijk koninklijk centrum had gemaakt.
Bij het station stond een speciale koninklijke trein gereed. De kist werd voorzichtig op een wagon geplaatst, samen met kransen en rouwstukken. De trein reed langzaam weg in de richting van Utrecht en Delft.

Op 4 december 1890 vond in de Nieuwe Kerk in Delft de bijzetting plaats. Daar, in de Koninklijke Grafkelder, werd Willem III ter ruste gelegd naast zijn in 1879 overleden zoon, prins Willem, en andere Oranjes.